Основними завданнями в галузі морського транспорту є:

1. Підвищення конкурентоспроможності портової галузі шляхом:

• підвищення ефективності, якості і швидкості обробки вантажів;
• модернізації і розвитку об’єктів портової інфраструктури загального користування, зокрема автомобільних та залізничних під’їзних шляхів;
• забезпечення ефективного державного регулювання спеціалізованих послуг, що надаються в морському порту суб’єктами природних монополій, та послуг, плата за надання яких включається до складу портових зборів;
• удосконалення системи документообігу, спрощення дозвільних процедур, зменшення часу обробки вантажів;
• створення умов для розвитку добросовісної конкуренції між вітчизняними морськими портами;
• забезпечення створення рівних і конкурентних умов для провадження господарської діяльності та отримання послуг у морському порту;
• узгодженості дій щодо завантаженості та нарощування перевантажувальних потужностей в морських портах;
• забезпечення технологічного розвитку портової галузі та підготовки спеціалістів портової галузі шляхом:
• впровадження сучасних технологій виконання навантажувально-розвантажувальних робіт;
• удосконалення навчальної бази для підготовки спеціалістів портової галузі;

2. Створення мережі кластерів шляхом:

• визначення переліку морських портів і типів кластерів;
• розширення переліку послуг, що надаються в морських портах;
• залучення приватних інвестицій для розвитку морських портів, передачі підприємств портової галузі та частини об’єктів портової інфраструктури, зокрема, в концесію;

3. Активна участь у міжнародних організаціях з метою створення умов для транскордонних перевезень вантажів;

4. Приведення стандартів роботи морських портів у відповідність з європейськими;

5. Взаємодія з морськими портами країн Чорноморського басейну (розроблення та виконання програм залучення вантажопотоків тощо);

6. Інші завдання

• створення сприятливих умов для залучення приватних інвестицій для розвитку об’єктів портової інфраструктури;
• забезпечення державних гарантій та захисту прав інвесторів;
• забезпечення створення достатніх глибин на підхідних шляхах та в акваторіях морських портів для обслуговування великих суден типу “Кепсайз” біля причалу;
• модернізація та оновлення портового та допоміжного флоту;
• забезпечення ефективного функціонування системи проведення моніторингу надводної обстановки в територіальних водах України, оптимізації регулювання руху суден, ефективного і своєчасного пошуку і рятування на морі;
• забезпечення розвитку системи управління рухом суден;
• забезпечення розвитку інформаційної системи портового співтовариства, інформатизації технологічних процесів у морських портах;
• удосконалення процедури оформлення вантажів, транспортних засобів та перевезення пасажирів;
• укладення міждержавних договорів щодо пошуку і рятування на морі;
• придбання та оновлення аварійно-рятувальних засобів;
• забезпечення ефективного функціонування та розвитку систем технічного та інформаційного забезпечення безпеки судноплавства;
• підвищення рівня кадрового потенціалу, оновлення та удосконалення навчально-методичної та програмно-технічної бази для підготовки фахівців портової галузі;
• розроблення програм підвищення кваліфікації працівників морських портів для обслуговування нових технологічних комплексів;
• підтримка навчальних закладів з підготовки спеціалістів портової галузі;
• підвищення рівня охорони праці;
• забезпечення належних санітарно-побутових умов праці в морських портах;
• забезпечення використання об’єктів соціальної інфраструктури портової галузі за цільовим призначенням;
• впровадження стандартів ЄС щодо роботи з небезпечними вантажами;
• приведення стандартів екологічної безпеки роботи морських портів у відповідність з міжнародними.

Стратегічний план розвитку морського транспорту на період до 2020 року

Основними завданнями в галузі річкового транспорту є:

• Створення нової організаційно-правової та економічної моделі управління внутрішнім водним транспортом;
• Розвиток конкуренції на ринку річкових перевезень, створить передумови для утворення нових суб'єктів господарювання різних форм власності, що здійснюватимуть вантажні та пасажирські перевезення;
• Підвищення конкурентоспроможності внутрішнього водного транспорту на внутрішньому і зовнішньому ринку транспортних послуг;
• Підвищення інвестиційної привабливості галузі;
• Створення передумов для модернізації та будівництва річкового флоту, а також оновлення і модернізації технічного та спеціального флоту;
• Задоволення потреб національної економіки і населення у перевезеннях;
• Підвищення рівня провізної спроможності внутрішнього водного транспорту шляхом збільшення навігаційного  періоду, застосування криголамів, створення безпечних умов для цілодобового руху суден;
• Підтримку гарантованих габаритів суднових ходів на всій протяжності транзитних водних шляхів;
• Удосконалення системи навігаційного забезпечення судноплавства на внутрішніх водних шляхах та оперативного технологічного зв'язку;
• Забезпечення сталого функціонування річкової інформаційної системи та її функціонування у взаємодії із системою моніторингу надводної обстановки;
• Підвищення рівня використання транзитного потенціалу держави;
• Прискорення інтеграції вітчизняного річкового транспорту в європейську транспортну систему;
• Підвищення рівня безпеки перевезень, експлуатаційної надійності судноплавних гідротехнічних споруд (шлюзів), проведення їх планово-попереджувальних ремонтів;
• Зменшення технологічного навантаження на інфраструктуру залізничного та автомобільного транспорту за рахунок переорієнтації частини вантажопотоків на внутрішній водний транспорт;
• Скорочення обсягів викидів забруднюючих речовин у навколишнє природне середовище.